1924. június 4-én kelt okirattal létesült egyházmegyénk jogelődje, a Miskolci Apostoli Exarchátus
Az első világháború előtt Magyarország területén az ország lakosságának
csaknem tíz százalékát kitevő görögkatolikusság több egyházmegyéhez is
tartozott (Eperjesi, Fogarasi, Hajdúdorogi, Körösi, Munkácsi, Nagyváradi Egyházmegye).
Az első világháború utáni békeszerződésekkel az országhatárok jelentősen átrendeződtek.
Csak a Hajdúdorogi Egyházmegye maradt meg érintetlenül, az Eperjesi Egyházmegyéből húsz, a Munkácsi Egyházmegyéből pedig egy parókia maradt Magyarországon: Abaújszántó, Abaújszolnok, Abod, Barakony, Baskó, Boldogkőváralja, Csobád, Felsővadász, Filkeháza, Gadna, Garadna, Homrogd, Irota, Kány, Mikóháza, Mogyoróska, Múcsony, Rakaca, Szárazkék (ma Baktakék), Viszló és Rudabányácska.
Ezek az egyházközségek kérvényezték a Hajdúdorogi Egyházmegyéhez csatolásukat, azonban a Szentszék úgy döntött, hogy ezeket a parókiákat kiveszi az immár más országba került eddigi egyházmegyék joghatósága alól, és egy új egyházmegyei szervezetet létesít. A döntést XI. Pius pápa felhatalmazása alapján, Francesco Marmaggi prágai nuncius 1924. június 4-i keltezéssel írta alá.
Az exarchátus (adminisztratúra, kormányzóság) egy egyházmegyénél szerényebb
létszámú részegyházat jelent, élén az exarchával (kormányzóval), aki a megyéspüspökkel megegyező jogokkal és kötelességekkel rendelkezik.
A felállított apostoli adminisztratúra élére Papp Antal érseket nevezték ki. Az érsek Miskolcot szemelte ki székhelyéül, bár Miskolc nem tartozott az exarchátus területéhez, de a közlekedést tekintve ez volt a legalkalmasabb hely. Majdnem másfél évvel kinevezése után, 1925. október 27-én foglalta el hivatalát Miskolcon, és vette át az exarchátus kormányzását. A székhely így bekerült Róma jóváhagyásával az elnevezésbe is: Miskolci Apostoli Adminisztratúra. Neve jelzi, hogy az Apostoli Szentszék hozta létre, az Apostoli Szentszéknek közvetlenül alárendelt részegyház, exarchája hatalmát a pápa nevében gyakorolja.
Papp Antal érsek Miskolc város megbecsült és tekintélyes polgára volt, főpapi liturgiáit a Búza téri templomban tartotta, ami ma már székesegyházi rangban van, mint a Miskolci Egyházmegye központi temploma. Az érsek legfontosabb feladata az egyházkormányzat kiépítése volt. Újabb parókiákat is létesített, köztük egészen hamar Szuhakállóban is."
A második világháború után szintén átrendeződtek az adminisztratúrához tartozó települések. 1946 októberétől, pápai kinevezés alapján, dr. Dudás Miklós hajdúdorogi megyéspüspök lett a következő apostoli kormányzó.
2011-ben XVI. Benedek pápa az Exarchátus területét a Zempléni főesperesség átcsatolásával megnövelte, élére pedig Orosz Atanázt nevezte ki.
Ferenc pápa 2015. március 19-én emelte egyházmegyei rangra a Miskolci Apostoli Exarchátust. A Miskolci Egyházmegye első püspöke Orosz Atanáz püspök lett. Ferenc pápa 2016 elején pontosította a metropólia egyházmegyéinek határait, így a Miskolci Egyházmegye területe Borsod-Abaúj-Zemplén Vármegye és Heves Vármegye egész területére kiterjed, mintegy 10887 km2. 65 parókia tartozik hozzá, számos további filiával, a legutóbbi népszámlálási adatok szerint 39 ezer görögkatolikus él itt.
(Az egyházmegye részletes története IDE kattintva olvasható).